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就学术查重系统而言，本科毕业论文是学术查重PMLC版本，含有“大学生论文联合比对库”，包含了使用PMLC检测过的所有往届本科毕业论文；研究生毕业论文是学术查重VIP5.3/TMLC2版本，含有“学术论文联合比对库”，包含了使用VIP5.3/TMLC2检测过的所有往届研究生毕业论文。 所以，如果使用往届毕业论文，学术查重系统很容易就查出来了。
封面、摘要、绪论、第一章、第二章、等等这样一系列的都会各自分成一个片段来检测，每一个片段都计算出一个相似度，再通过这样每章的相似度来计算出整篇论文的总重复率。 当学术查重系统识别到你论文中有某句话涉嫌抄袭的时候，它就会对这句话的前面后面部分都重点进行模糊识别，这个时候判断标准就变得更严格，仅仅加一些副词或虚词 (比如“的”、“然后”、“但是”、“所以”此类词语）是能够识别出来的。 在学术查重进行中，检测系统只能识别文字部分，论文中的图片、word域代码、mathtype编辑的公式、是不检测的，因为检测系统尚无法识别这些复杂的内容格式。
对于本科来讲，论文是无需传到学术的（少数极其优秀的肯定会），但是学校一般会有自己的论文库。
实际上，查重论文的范围是与论文查重系统相关的，有些论文查重检测系统是需要查重全文的，而有些论文查重系统则不需要查重全文。 目前多数学校和单位都是采用学术查重检测系统，学术查重检测系统是不会查重标题、目录、引言等部分的内容，而大部分论文查重都没有像学术查重系统这样智能，那么就是会把标题、目录、引言等内容查重检测。