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论文查重需要把参考文献放进去，其目的有三即：为了能反映出真实的科学依据；为了体现严肃的科学态度，分清是自己的观点或成果还是别人的观点或成果；为了对前人的科学成果表示尊重，同时也是为了指明引用资料出处，便于检索。
根据已有研究成果及经验，一般的基础研究、理论研究论文引用的参考文献数量在10篇左右，综述性论文引用的文献数量可以多一些，技术性、实验性论文引用文献相对较少。 参考文献的选择，应该根据文章的需要来确定，以数量最少、质量最优、作用最佳、成果最新为基本原则，保证引文质量与数量达到最优化状态，最大程度地降低因引文量失当而产生的文字复制比。
可以肯定的告诉大家，正规的毕业论文查重是不包括参考文献的，所以可以放进去一起，参考文献并不在毕业论文查重范畴内。 不过参考文献的格式要符合要求才能被系统识别到，否则该部分不会被排除到查重范围外。
而且，在查重报告中， 不纳入查重范围的参考文献、目录等内容都会以灰色字体显示，而正文则以黑色字体显示。 通过这点，也可以帮助我们判断知网是否成功识别了参考文献等无需查重的内容。