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首先，查重系统会将全篇论文和数据库进行对比。 从结果来看的话，如果是大段飘红的文字，那么就表示这些文字存在抄袭情况，大段的飘黄则说明这些文字是引用文献。 在进行检测的时候，查重系统会将论文以章节的形式来进行片段检测。
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论文查重被称之为“学术不端检测”，也可以说是监督学术不端行为，即对学术的严肃性进行规制和对剽窃行为的一种抑制，禁止论文抄袭。 目前论文查重在市场上有很多检测系统来对论文进行查重，而且权重比较高的检测系统也不少，就像知网、万方、维普，它们的相同点就是都有单独的检测系统与数据库，不同点就是数据库的大小收录文章的数量多少，这也是一个很大的差别。 还有 papertime论文检测系统 ，独有的实时同步检测重复率，这是papertime查重系统最突出的优点。 我们都知道，当写一篇论文时，经常需要参考大量的资料与文献来最后梳理我们提出来的论题，所以会用到一些参考文献与资料都是很正常的，论文查重可以帮助我们了解论文中引用到的数据在整篇论文中占据比例的高低，避免了因各种不当引用而导致论文大重复率高的原因。