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有时论文查重率高的原因就是引用文献时，并没有按照正确的格式进行引用，所以查重系统判断为抄袭了其他人的成果，这样就会影响到论文查重率。 Word排版很有可能会影响到查重报告的总字数，因为排版正确的话，正规的查重系统会自动识别目录、参考文献等被自动剔除都不计入正文检测，从而影响到查重报告的总字数。
论文查重一定要使用正规查重系统: Word排版不规范，那么目录，参考文献等都有可能被当成正文检测，从而被标红，从而总文字复制比就会升高。 如果参考文献基本被标红，导致这样的后果主要原因：
论文查重，主要是基于查重比对数据库，按照一定的算法进行重复率计算。 因此，不同的查重系统有不同的查重数据库，不同的算法，所以结果也就无从比较。 学校用知网查重系统，那么提前查重的时候，也要以知网查重系统为参考，这样才有借鉴意义，不至于被误导。
首先，查重系统会将全篇论文和数据库进行对比。 从结果来看的话，如果是大段飘红的文字，那么就表示这些文字存在抄袭情况，大段的飘黄则说明这些文字是引用文献。 在进行检测的时候，查重系统会将论文以章节的形式来进行片段检测。